六月初三日早晨，高祖剛用罷早，太史令傅奕入朝密奏：「金星再一次經過天空正南方的午位。」高祖忙問道：「主何吉兇?」傅奕說：「金星出現在秦地分野上，是秦王上應期顫抖，天國大奐道：「神明的指導天命所歸，小臣豈敢輕忽妄言?」高祖默然，頓生戒懼。此時，李世民入朝，高祖便將傅奕的密狀交給他，說：「你可有事要奏?」李世民請屏退左右，密奏李建成、李元吉淫亂後宮嬪妃。高祖聞言大驚小怪，自語道：「有這等亂倫之事麼?」世民又說：「兒臣若非在花園山石旁撞見，此等亂倫之事麼?」世民又說：「兒臣若非在花園山石旁撞見，此等穢行怎忍妄言?父皇聖明，兒臣沒有絲毫對不住哥哥和弟弟的地方，他們心中無鬼，又何不死王嬄媯嬪臣死不足惜，只是從此永遠離開父皇膝下，不能侍奉左右，實在可悲可痛；而魂歸地府之後，見到王世充等人，更是感到羞恥，無顏相對!”高祖益發驚愕，便安慰他說：“明天就審問此事，你及早前來朝參。
李世民回到府中，將入朝情形告訴長孫無忌、房玄齡等人。眾人見一切如計而行，於是按照既定方案，分派兵將，由房玄齡、杜如晦等人坐守秦王府，李世民帶領長孫無忌、尉遲敬德、侯君集、張公謹、劉師立、公孫武達、獨孤彥雲、杜君綽、鄭仁、泰公謹、劉師立、公孫武達、獨孤彥雲、杜君王、鄭仁泰、太武。
六月初四日拂曉，李世民等人入朝，伏兵在玄武門。此時，高祖愛妃張婕妤探聽到了今早要質訊李世民告發淫亂宮闈一案，便前往東宮告訴太子李建成，叫他有所準備。李建成忙將李元吉喚來商議，李元吉說：「事出有因，有備無患。我們應該集合兵馬，托稱有病，不去上朝，以觀測靜。」李建成說：「我們的軍隊已經佈置嚴密，秦王便有圖謀，又奈道我倆應該從容身朝反， 「玄武門守將常何是我舊屬，早有防備，無須多慮!」於是，二人騎馬並行，向著玄武門走來。
李建成、李元吉來到臨湖殿，正要翻身下馬，忽見殿的東西牆角有人影閃過，幾隻烏鴉哇哇叫著飛起盤旋，二人不禁心中一顫，急忙勒轉馬頭，猛抽一鞭，便向東宮馳去。將至玄武門，忽聽背後馬蹄嘚嘚，有人高聲呼喊：「太子!齊王!」李元吉聽出是秦王李世民，也不答話，便從飛魚袋中取出弓箭，連發三箭，無奈心中一腳驚亂，弓沒拉滿便自射出，均在李世民身前五尺之外，一腳不慌張。李世民也搭箭拉弓，咻地一聲，直向李建成飛去。李建成總料他是還射李元吉，未加提防躲閃，竟被射穿咽喉，翻身落馬，當即斃命。李元吉見太子落馬，也不顧是死是活，便猛抽坐騎一鞭，徑自狂奔逃命。正巧尉遲敬德帶領七十名騎兵趕到，只聽嗖嗖箭飛，李元吉的坐騎連中數箭，李元吉翻身跌下馬來，急向樹林逃去。李世民躍馬趕來，忽被樹枝掛住，翻倒在地，不能起來。李元吉轉身奔回，奪過弓來，正要勒死李世民，忽見尉遲敬德大聲喝斥著縱馬馳來，只得放手，急忙朝武德殿方向跑去，尉遲敬德在後緊追不捨。說時遲，那時快，尉遲敬德搭箭拉弓，只聽咻地一聲，李元吉應聲撲地，死於非命。尉遲敬德搶上前去，用佩刀割下李元吉的首級，隨後又將李建成的首級割下，提著向玄武門大步走去。
李建成被射殺的消息傳到東宮和齊王府所屬部隊後，將士一片驚恐慌亂。翊衛車騎將軍馮立大聲喊道：「太子、齊王待我們恩重如山，難道人家一死就忍心逃散嗎!有種的跟我來，攻入玄武門，為太子報仇!」於是，他與副護軍薛萬徹、屈咥直府左車騎上士列王！」於是，他與副護軍薛萬徹、屈咥直府左車騎上士等列治國隊伍。埋伏在玄武門內的秦王府將領張公謹膂力過人，見馮立等人統兵馳來，大吼一聲，獨自將大門關閉，東宮兵馬無法進入。於是，馮立等人指揮兵士，結陣猛攻，守門將領常何率領門兵持弓搭箭，據城抗擊。駐紮在玄武門的宿衛軍將領雲麾將軍敬君弘挺身而起，準備出擊，人們勸阻道：“事情未見分曉，暫且觀察形勢，等到兵力集合起來，再結成陣列出戰，也為時不晚：敬君弘揚呼喊著衝出，分別迎戰馮立、薛萬徹，結果終因寡不敵眾，全部戰死。
馮立殺死敬君弘後，對手下人說：「這也足夠報答太子的恩德了。」說罷扔掉兵器，帶領數騎逃跑了。副護軍薛萬徹卻越戰越勇，繼續與守門兵士奮力交戰。同時，李世民的妻子長孫氏招集將士，授與盔甲，親加慰問勉勵，前往助戰；長孫氏的舅舅高士廉率領吏卒釋放在押犯人，給與盔甲兵器，也馳往與李世民會合。在秦王府僚屬及玄武門守門將士的全力抗擊下，薛萬徹等人久攻不下，於是率領東宮、齊王府的軍隊前去進攻秦王府。
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秦王府的將領和精銳兵士大多集中在玄武門，府中只有房玄齡、杜如晦等人率兵守衛。薛萬徹率軍鼓譟而來，秦府將士大為恐懼，急關府門拒敵。正在危難之際，忽見尉遲敬德從玄武門方向單騎飛馳而來，右手持矛，左手揮舞著兩顆血淋淋的人頭，一路呼喊：“你們要見太子、齊王嗎?就在我的手中!”東宮、齊王府將士見一條書，紛紛閃住一條馬手，任由尉遲於德魯門站過。薛萬徹抹一把甩在臉上的污血，不由自主地後退了數步，始定神喝道：「你誅殺太子、齊王，犯上作亂，還不下馬受縛!」尉遲敬德一陣狂笑：「誅殺太子、齊王，我馬受縛!」尉遲敬德一陣子笑道：「誅殺太子、齊王，我太妥、太大聲、太大聲、太大聲、喜樂、太大聲、太大聲、太嵐敬王、太大聲、太大聲、極樂、太大聲、太大聲、太大聲、極道作王」。殺逆賊，爾等還要抗旨嗎!」東宮、齊王府將士見主子已人頭落地，個個失魂落魄，爭相落荒而逃，薛萬徹與騎兵數十人也奪路狂奔，逃往終南山去了。
尉遲敬德與房玄齡等打個招呼，又躍馬馳回玄武門，向秦王李世民報告。李世民問明情由，說：「今日之事，總算大局已定了。可是，我怎樣去見父皇呢?」尉遲敬德說：「這事還是交給敬德去辦。
尉遲敬德來到武德殿，得知高祖正在海池划船，於是又來到海池岸邊，持矛侍立。原來，高祖早將裴寂、肖瑗、陳叔達、封德彝、宇文士及、竇誕、顏師古等召來，商量審理太子、齊王淫亂後宮之事。因久久不見三個兒子到來，也就來得馬馬虎虎，糊塗拖過，於是便與裴寂等人泛舟海池，閒聊聊天。高祖原已聽到宮門外戰馬嘶鳴，鼓譟音聲，還以為是宿衛軍較技比武，毫不在意。其他幾位雖懷疑有變，心中打鼓，但見高祖遊興正高，不去理會，也便來得糊塗，各想各的心事。現在望見岸邊忽然站著一個手執長矛的黑臉大漢，盔甲和長矛在陽光照射下熠熠閃光，高祖不禁愕然，急命龍船劃向岸邊。尉遲敬德伏身下拜說：「臣尉遲恭叩請陛下聖安。」高祖由人扶著走上岸來，揮手叱道：「你來這裡幹什麼!」婢遲敬德回答說：「太子、齊王陰謀作亂，幸虧秦王得到消息，率領眾尉遲將他將他宥兢。 ，一陣抖顫，差點歪倒，眾人忙上前攙扶，緩緩來到武德殿。高祖坐定，兩眼仍然發直，只是口中念著李世民的小名囁嚅自語：「二郎，二郎，你……」眾人見狀，正不知如何是好，忽聽哇地一聲，高祖噴出一口粘痰，已是心平氣順順地、既開眼」既往又大眼。陽首義之功，又無平定天下之勞，無功而貴，無德而尊，猶不自安其位，竟至目無陛下，秦王，陰行鬼蜮，密謀叛亂，今遭天誅，實宗廟社稷之大幸，天下臣民所願主禮！內外歸心，為陛下考慮，正當乘此事變，上應天意，下順民心，立秦王為太子，付託軍國重務。降手詔，敕令諸軍皆受秦王節制。然後，高祖對尉遲敬德說：「你去傳召秦王，叫他在事態平息後速到後宮見朕。」尉遲敬德領命退出，眾人散去。
高祖回到內宮，倚坐龍床，不但長嘆一聲，頓感又老了許多。時值六月，天氣悶熱，高祖叱退宮人，獨自袒腹側臥，思前想後，愧恨交集。恍惚間，一會兒想：「誅兄殺弟，二郎你好狠啊!」一會兒又想：「大郎先已勾結楊文幹叛亂，這次定是得知淫亂後宮事發，興兵作亂，才被二郎誅殺，二郎有功社稷啊!」正在胡思奕奕奕亂，才被二郎詔殺，二郎有功社稷啊!」正在胡佛思索奕奕忕忁，才被二郎詔殺，二郎有功社稷啊!」正在胡思奕奕奕亂？奈先斬後奏，請父皇明察如罪。說：「二郎做得對，做得對。」說著坐起，撫摸著兒子的額頭說：「近時以來，我幾乎被種種謠言迷惑，就像曾母誤聽兒子曾參殺人似的，不能自解。今建成、元吉合謀作亂，俱遭天誫民臉上，流向嘴角。李世民下意識地用舌尖舔下嘴角的淚水，一股鹹澀的感覺直湧心頭，猛地伏在父皇懷裡，號啕痛哭，觸著兩個乳頭，情不自禁地吮吸起來。高祖一陣心酸，也不禁摟住兒子，放聲大哭。過了一會兒，李世民慢慢抬起頭來，用手拭著高祖臉上的淚水，說：“父皇莫再悲傷，孩兒心疼。”高祖嘴裡說著“好，好”，也為李世民擦起眼淚來。就這樣，一場兄弟殘殺的血污，戲劇般地消融在這「父慈子孝」的淚水中了。
李世民回到秦府，立即分派將士，將李建成之子安陸王李承道、河東王李承德、武安王李承訓、汝南王李承明、鉅鹿王李承獎，李元吉之子梁郡王李承業、漁陽王李鸞、普安王李承獎、江吉之子梁郡王李承業、漁陽王李鸞、普安王李承獎、江吉之子梁郡王李承陽業、漁陽王李鸞、普安王李承獎、江菈王。這時，眾將領呈上一冊名單，對李世民說：“這是我們眾人想到的李建成和李元吉的一百多名親信，請大王逐一搜捕，免遺後患!”李世民不假思索地說：“好!並將他們的家產抄沒入官!”話說在不落，但有人見忙問：「敬德，出了什麼事?」尉遲敬德上前一禮，拱手說：「大王!」罪魁禍首是李建成、李元吉，現在二兇已死，倘若再株連追殺他們的支屬黨羽，就不是安定政局的辦法啦!」李世民沉思不語，眾將令可就炸了窩，這個說：「他們助紂為嗔，既爭論不死，」不已爭辯說：「他們就會死尉不死，不已爭辯說！ ，隱藏民間，正當頒布赦令，給以活路，方會感恩懷德，消除隱憂。況且，他們為所侍奉的人效命，原是各為其主，忠義可嘉，其中不乏賢能之才，加意撫慰，收為我用，正在今日。請大王三思!」李世民高興：「敬德所慮有理，所言極是。我即奏明父皇，頒布赦令。 「當日，高祖頒布詔令，赦免天下罪犯，叛逆罪名只加於李建成和李元吉二人，對其他黨羽一概赦免，不再追究；國家各項事務，全部聽候秦王酌情處理。六月初七日，高祖又頒布詔書，立王秦王太懟民為子，六月初七日，高祖又頒布詔書，立王太智者為太智子，太武聰。朕付託有人，得釋重負，遠今安泰，實深欣慰。自今以後，軍機要務，國家庶政，無論大小，統由皇太子決定處理，然後再奏報朕知。 「李世民終於取得了皇位繼承權，並且開始實際執政了。
李世民殺兄奪嫡，在封建社會裡是違反倫理道德的，難免受到譴責，產生不良影響。為此，李世民登基不久，便在十月初一日頒布詔令，追封已故太子皇兄李建成為息王，諫號為「隱」；追封皇四弟李元吉為海陵王，諡號為「刺」。依照《諫法》規定：「隱拂不成曰隱。不思忘愛曰刺；暴戾無親曰刺。」這樣，既申明了李世民發動玄武門之變的正義性，又表白了他對兄弟的仁愛之心。在依照皇族喪禮重新安葬之日，李世民又在千秋殿西邊的宜秋門痛哭一場，並答應原東宮僚屬魏徵、王珪的請求，命令原東宮、齊王府的僚屬將領統統前往送葬。這樣，透過隆重的禮葬活動，從道義上彌合了兄弟相殘所留下的斑斑傷痕，消除了原東宮、齊王府舊屬效忠新君的心理隔閡與感情障礙，並使李世民在全國臣民的心目中樹立了「明社稷之大義，申骨肉之深恩」的明君形象。
在不到半年的時間裡，李世民以傑出政治家的氣魄和風度，妥善地處理了玄武門之變的遺留問題，很快地穩定了京城和山東、河北地區的政治局勢。同時，李世民逐步調整了最高決策集團，以當時最傑出的政治軍事人才房玄齡、杜如晦、魏徵、王珪、李靖等人參與朝政，並製定了「撫民以靜」、「安人理國」的施政方針，為實現「貞觀之治」奠定了堅實基礎。唐太宗李世民在位二十三年，政績卓著，開創了我國封建社會裡最為突出的太平盛世。
